גודל פיקסל המצלמה מתייחס לרוחב ולגובה הפיזי של יחידת הפיקסל בחיישן המצלמה, הנמדדים בדרך כלל במיקרו-מטרים (μm). זהו אחד ממפרטי המצלמה החשובים ביותר שיש לבצע אופטימיזציה עבור יישום ההדמיה שלך, מכיוון שהוא משפיע הן על רגישות המצלמה והן על יכולתה ללכוד פרטים עדינים.
בעוד שגודל פיקסל החיישן חשוב, למעשה גודל פיקסל התמונה המתקבל הוא שקובע רבות מתכונות ההדמיה של המצלמה, לאחר הפעלת ההגדלה של המערכת האופטית. גודל פיקסל התמונה ניתן על ידי גודל פיקסל החיישן, חלקי הגדלת המערכת הכוללת. לכן, קיים הבדל משמעותי בין מערכות אופטיות במישור מוקד קבוע, כגון מטרות מיקרוסקופ, לבין מערכות ניתנות למיקוד, כגון עדשות מצלמה קונבנציונליות. במקרה האחרון, ניתן לשנות את ההגדלה, ולכן את גודל פיקסל ההדמיה האפקטיבי, על ידי התקרבות או התרחקות מאובייקט הצילום, או שימוש בעדשות זום כדי לשנות את ההגדלה.
עבור מערכות אופטיות המשתמשות במטרות מיקרוסקופ במישור מוקדי קבוע, או מערכות מבוססות עדשה שבהן גם רמת הזום וגם המרחק לאובייקט קבועים, פיקסלים גדולים יותר יכולים לאסוף יותר אור, מה שמציע רגישות גבוהה יותר. כאנלוגיה, אם הייתם שואפים לאסוף מי גשמים, דלי יהיה יעיל יותר מכוס. שטח הפיקסל הוא הגורם החשוב, כלומר בעת השוואה בין מצלמות, פיקסל שגודלו כפול מ-X ו-Y גדול פי ארבעה, ולכן ייחשף למספר הפוטונים פי ארבעה. במצבי צילום בתאורה חלשה, הגדלת גודל הפיקסל יכולה להביא יתרונות עצומים לרגישות, ולהפחית את זמן החשיפה או את רמת האור הנדרשים.
במערכות אופטיות קבועות אלו, החיסרון של פיקסלים גדולים יכול להיות בפתרון של פרטים עדינים בתוך התמונה. ככל שהפיקסל גדול יותר, כך גדלה מידת ה"פיקסלציה" של התמונה. אם פיקסל בתמונה שלך הוא בקוטר של 1 מיקרון, הוא לא יוכל להציג פרטים קטנים מכ-2 מיקרון מבלי שמאפיינים שכנים יטשטשו לאחד.
עם זאת, גודל הפיקסל של המצלמה אינו הגורם המגביל היחיד בפתרון פרטים עדינים. גם למערכת האופטית תהיה מגבלה על כמה פרטים קטנים יכולים להיות לפני שהם מטושטשים. לכל מערכת אופטית יהיה גודל פיקסל מינימלי תואם, שמתחתיו ייראה שיפור מועט, אם בכלל, ברזולוציית הפרטים, אך עדיין ייגרם קנס ברגישות. עבור מערכות מבוססות מיקרוסקופ-אובייקטיב, מגבלה זו נקבעת בעיקר על ידי הצמצם המספרי (NA) של האובייקטיב.
מצלמה בגודל פיקסל של 6.5 מיקרומטר מתאימה באופן אידיאלי למטרות מיקרוסקופ בעלות NA גבוה פי 60. מצלמות עם פיקסלים של 10 או 11 מיקרומטר מתאימות למטרות NA גבוה פי 100. בכל מקרה, פיקסלים גדולים יותר יכולים להניב רגישות רבה יותר, אך פיקסלים קטנים יותר לא יניבו רזולוציית פירוט תמונה עדינה יותר.